La conformación nativa de una proteína es termodinámicamente estable y corresponde al plegamiento de menor energía. Los diferentes pliegues están unidos por enlaces covalentes, pero la conformación depende de los enlaces no covalentes, con lo que las proteínas tienen múltiples conformaciones de transición o no nativas. En el mapa del paisaje de conformaciones de la proteína en función de la energía, la proteína se pliega recorriendo un camino que la lleva hasta un mínimo energético. El gran problema de los métodos computacionales para determinar el plegamiento mediante ordenador es que este problema de minimización puede acabar en mínimos locales, conformaciones no nativas con una energía mínima localmente pero no globalmente, que pueden ser confundidas con la conformación nativa.

El nuevo artículo propone una serie de reglas sencillas que permiten diferenciar entre conformaciones nativas y no nativas, lo que ayuda a guiar a los programas de ordenador de plegamiento automático. Las reglas de la horquilla ββ, la del motivo αβ y la del motivo βα, así como las llamadas reglas ββα, αββ y βαβ. Lo sorprendente es que con un conjunto tan pequeño de reglas sencillas, los autores han sido capaces de reconstruir con éxito la conformación nativa de múltiples proteínas con entre 80 y 100 aminoácidos. Muchas proteínas más grandes utilizan estructuras de este tamaño como bloques de construcción, lo que sugiere que estas reglas pueden ser claves para la resolución del problema del plegamiento de proteínas.

Yo no soy experto en estas lides, pero este artículo me parece muy prometedor. Las reglas parecen bien justificadas (dependiendo de la quiralidad y las preferencias estructurales de las cadenas polipeptídicas). La incorporación de este tipo de reglas en los programas de diseño e ingeniería de proteínas podría tener implicaciones biomédicas y farmacológicas de enorme importancia. Pero, por ahora, con los pies en la tierra, estas nuevas reglas parecen ideales para ser descritas en libros de texto y para ser impartidas por los profesores de cursos de bioquímica avanzados que discutan con cierto detalle el plegamiento de las proteínas. Por supuesto, si alguno está leyendo esto, le animo a comentar su opinión al respecto.