El análisis genómico de la COVID-19 en el crucero Diamond Princess

Por Francisco R. Villatoro, el 30 julio, 2020. Categoría(s): Ciencia • Medicina • Noticias • Science • Virología ✎ 1

El 5 de febrero de 2020, el crucero Diamond Princess fue puesto en cuarentena por COVID-19 en alta mar en Yokohama, Japón. Alojaba a 3711 personas, 2666 pasajeros y 1045 tripulantes; se produjeron 712 casos de COVID-19 y 14 personas fallecieron. Se publica en PNAS un estudio de epidemiología molecular que reconstruye la red de contagios en el crucero; se basa en la secuenciación de genoma completo del coronavirus SARS-CoV-2 en las muestras de RT-PCR positivas de 73 pacientes. Todos contienen cierta mutación (G11083T), lo que sugiere que un solo pasajero llegó al crucero con el coronavirus antes de la cuarentena y fue el origen del contagio de todos los demás. No se sabe quién fue ese paciente cero.

Como quizás ya sabes un pasajero de 80 años presentó síntomas el 23 de enero y desembarcó en Hong Kong, donde el 1 de febrero se confirmó que era COVID-19; el crucero había partido desde Hong Kong el 25 de enero, así que se puso en cuarentena en alta mar. La epidemiología molecular (o genómica) no puede determinar si este pasajero fue el paciente cero (pudo haber otro asintomático). Este estudio se ha basado en muestras faríngeas de 896 personas obtenidas entre el 15 y el 17 de febrero de 2020, de las que 148 dieron positivo en la prueba RT-qPCR (un 16,4 %); a partir de ellas se lograron reconstruir 70 genomas del coronavirus (en las muestras se estima que había menos de 300 partículas virales); que se añaden a los 3 genomas del Diamond Princess que ya había en la base de datos de GISAID.

Los 73 genomas contienen la mutación G11083T (una guanina donde el genoma de referencia tenía una timina), que corresponde a la mutación Leu37Phe (una leucina por una fenilalanina) en la proteína nsp6; no te confundas, pone timina, no uracilo, porque en las bases de datos los genomas se almacenan por convenio en formato ADN, aunque el coronavirus tenga ARN. El artículo es Tsuyoshi Sekizuka, Kentaro Itokawa, …, Makoto Kuroda, «Haplotype networks of SARS-CoV-2 infections in the Diamond Princess cruise ship outbreak,» PNAS (28 Jul 2020), doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2006824117, medRxiv preprint 20041970 (27 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.23.20041970. Todos los genomas están en la base de datos GenBank; el genoma de referencia con identificador MN908947 y el resto de los nuevos genomas con LC570961LC571041 (todos).

En los 73 genomas se han observado 52 variaciones de un solo nucleótico (SNV); para el análisis genómico se han comparado con el genoma de referencia del SARS-CoV-2 (llamado Wuhan-Hu-1, que fue aislado el 26 de diciembre de 2019 en China) y con otros 412 genomas que muestran 449 SNV (. La mayoría de las mutaciones son C>T (citosina a timina) y G>T (guanina a timina). El 33 % de las mutaciones fueron silenciosas (sinónimas), con un 62 % de mutaciones no silenciosas (no sinónimas) y un 5 % de mutaciones en regiones no codificantes (intergénicas).

Para obtener el árbol filogenético se usó un análisis de máxima verosimilitud (ML). Hay tres genomas de SARS-CoV-2 aislados en Europa (en París entre el 29 de enero y el 2 de febrero de 2020) que se parecen mucho a los del Diamond Princess, pero no se puede inferir que el paciente cero fuera francés. Observa la figura que abre esta pieza, muestra la red de haplotipos del crucero; en el centro se encuentra el grupo DP-A con 29 aislados (entre ellos debería estar el haplotipo ancestral); más arriba encuentras el grupo DP-B (5 aislados) y DP-C (6 aislados); además de estos grupos, hay 33 pacientes (45%) que presentan haplotipos únicos (algún SNV o alguna deleción única). Tres parejas que compartieron camarote muestran el mismo haplotipo (dos parejas en DP-A y otra separada) y otras cinco parejas presentan haplotipos que se diferencian en un solo SNV (flechas de DP-A a DP0290, a DP0481, a DP0645, a DP0803, y de DP0764 a DP0765).

Trazar en detalle los contagios usando solo información genómica es imposible. Los autores del artículo opinan que la mayoría de los contagios ocurrieron en reuniones masivas en las áreas recreativas, donde todos los pasajeros disfrutaron bailando, cantando, comprando y viendo espectáculos. De hecho, la epidemia en el crucero tuvo dos brotes, el primero entre pasajeros del 2 al 4 de febrero y el segundo entre la tripulación cuyo trabajo era mantener el servicio a bordo. Poca más información se puede obtener de un análisis genómico del 10 % de los pacientes. Aún así me parece muy interesante ya que los cruceros como Diamond Princess son lo más parecido a un «laboratorio» para el estudio de las epidemias.



1 Comentario

  1. Te pido Francis que saques a la luz las barbaridades que están sacándose es redes sociales de una patraña como el dióxido de cloro. Un truño de mucho cuidado

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