Qué sabemos sobre el perro mapache como animal intermediario de la zoonosis por SARS-CoV-2

Por Francisco R. Villatoro, el 25 marzo, 2023. Categoría(s): Biología • Ciencia • Medicina • Noticias • Science • Virología ✎ 6

Por ahora, casi nada. ¿Se sabrá más algún día? Casi seguro que no, se siente. Se sabe que los perros mapaches (Nyctereutes procyonoides) se vendían de forma ilegal en el mercado de animales vivos de Huanan en Wuhan (China); lo atestiguan fotos anteriores a 2019. Sin embargo, cuando se cerró el mercado la mañana del 1 de enero de 2020 y entró el equipo de investigación del CDC chino para tomar muestras, ya no había animales ilegales en dicho mercado. Las 457 muestras (hisopos) de animales recolectados fueron de 10 gatos callejeros, 27 heces de gato, 1 perro, 1 comadreja y 10 ratas; ninguna de estas 457 muestras dio positivo en SARS-CoV-2. También se recopilaron 828 muestras ambientales dentro del mercado, de las que 64 fueron positivas en SARS-CoV-2. El pasado 4 de marzo de 2023, la bióloga evolutiva Florence Débarre descargó medio terabyte de secuencias de la base de datos GISAID de unas 50 muestras (de las 64 positivas); el 11 de marzo las secuencias volvieron a estar embargadas. GISAID no puede hacerlas público sin permiso explícito de los autores (George Gao et al., artículo enviado a Nature, en revisión por pares). El 20 de marzo se publicó en Zenodo un preprint liderado por Débarre analizando estas secuencias (que también podría haber sido enviado a Nature(∗)): las muestras incluyen ADN mitocondrial de perro mapache. ¿Asunto resuelto? Tranquilidad en el frente.

Se ha encontrado ADN mitocondrial de catorce mamíferos: perro mapache (Nyctereutes procyonoides), erizo de Amur (Erinaceus amurensis), puercoespín malayo (Hystrix brachyura), rata de bambú canosa (Rhizomys pruinosus), marmota del Himalaya (Marmota himalayana), civeta de palma enmascarada (Paguma larvata), comadreja siberiana (Mustela sibirica), tejón porcino (Arctonyx collaris), vaca (Bos taurus), oveja (Ovis orientalis), rata parda (Rattus norvegicus), cerdo (Sus scrofa), perro (Canis lupus) y humano (Homo sapiens). Usando las muestras se ha podido reconstruir el ADN mitocondrial completo de cinco mamíferos: perro mapache, erizo de Amur, el puercoespín malayo, rata de bambú canosa y civeta de palma enmascarada. ¿Por qué destaca el perro mapache? Porque es el ADN mitocondrial más numeroso en las muestras con ADN de mamíferos. ¿Significa esto que ahora es más probable la hipótesis de que el perro mapache es el animal intermediario entre el murciélago y el humano? No, lo siento; no se han encontrado secuencias de ningún conoravirus de perro mapache; las muestras son positivas en coronavirus humano, nada más. Que las muestras ambientales positivas tengan mucho ADN mitocondrial de perro mapache solo significa que en dicha zona del mercado se vendían perros mapaches y que sus vendedores estaban infectados. Pero esto ya se sabía, porque dicha zona es donde se supone que se inició la pandemia en el mercado (LCMF, 01 ago 2022).

Lo que conocemos es el análisis de las muestras liderado por Débarre. ¿El artículo de George Gao et al. enviado a Nature podrá ofrecer mucha más información adicional? No parece probable. Lo siento, pero todo apunta a que nunca se podrá decidir de forma definitiva cuál es el animal intermediario en esta zoonosis. Como es obvio, espero estar equivocado. El nuevo artículo (preprint) es Alex Crits-Christoph, …, Michael Worobey, Florence Débarre, «Genetic evidence of susceptible wildlife in SARS-CoV-2 positive samples at the Huanan Wholesale Seafood Market, Wuhan: Analysis and interpretation of data released by the Chinese Center for Disease Control,» Zenodo (20 Mar 2023) doi: https://doi.org/10.5281/zenodo.7754299. Ya se publicó un análisis preliminar de las muestras en el preprint (enviado a Nature) de George Gao, William Liu, …, Guizhen Wu, «Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the Huanan Seafood Market,» Research Square (25 Feb 2022), https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1370392/v1.

Recomiendo la lectura de Dominic Dwyer, «China acaba de revelar datos cruciales sobre el origen de la COVID-19. Si lo hubiera hecho antes podría habernos ahorrado tres años de discusiones», The Conversation, 23 mar 2023. Y, sobre todo, de Smriti Mallapaty, «COVID-origins study links raccoon dogs to Wuhan market: what scientists think. Some say the analysis supports the hypothesis that the virus that causes COVID-19 spilled over from an animal — but falls short of definitive proof,» News, Nature, 21 Mar 2023, doi: https://doi.org/10.1038/d41586-023-00827-2.

(∗) [PS 09 abr 2023] Ya se ha publicado en Nature: William J. Liu, Peipei Liu, …, Guizhen Wu, «Surveillance of SARS-CoV-2 at the Huanan Seafood Market,» Nature (05 Apr 2023), doi: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06043-2. No hay nada nuevo con respecto a lo resumo en esta pieza: «desde el 1 de enero de 2020, tras el cierre del mercado, se recopilaron 923 muestras ambientales; desde el 18 de enero, se recolectaron 457 muestras de 18 especies de animales (de refrigeradores y congeladores, hisopos de animales callejeros y una pecera); se detectó SARS-CoV-2 en 73 muestras ambientales, pero en ninguna de las muestras de animales». [/PS]

[PS 12 abr 2023] Recomiendo Dyani Lewis, Max Kozlov, Mariana Lenharo, “COVID-origins data from Wuhan market published: what scientists think. First peer-reviewed analysis of the Chinese swabs confirms animal DNA was present in samples that tested positive for SARS-CoV-2,” Nature 616: 225-226 (05 Apr 2023), doi: https://doi.org/10.1038/d41586-023-00998-y. Uno de los entrevistados comparte mi opinión de que nuevos análisis de los datos conocidos serán incapaces de resolver el problema del origen; se necesitan nuevos datos (datos, que quizás no existan). [/PS]

[PS 27 abr 2023] Un análisis independiente de todas las secuencias de las muestras recabadas en Huanan muestra que el perro mapache correlaciona negativamente con SARS-CoV-2; peces, ganado y humanos son los únicos animales que correlacionan positivamente; por tanto, dichas secuencias no permiten determinar cuál fue el animal intermediario. Pecaré de soberbio, pero debo afirmar que esto es algo obvio para cualquiera; con muestras del 1 de enero de 2020 no se puede determinar el origen de una pandemia que se inició en noviembre de 2019 (con toda seguridad dichas muestras están contaminadas por humanos). El nuevo análisis es Jesse D. Bloom, «Association between SARS-CoV-2 and metagenomic content of samples from the Huanan Seafood Market,» BioRxiv preprint 538336 (26 Apr 2023), doi: https://doi.org/10.1101/2023.04.25.538336. [/PS]

La foto que abre esta pieza es de un mercado de animales chino; pero esta dos fotos del investigador Eddie Holmes fueron obtenidas en el mercado de animales de Huanan en 2014. Más aún, según la geolocalización del archivo raw de estas fotos, fueron obtenidas en la zona del mercado donde parece que se inició la infección. Sin lugar dudas muestran algo de lo que nadie tenía dudas, que se vendían de forma ilegal perros mapaches en esa zona del mercado. El ADN mitocondrial (ADNmt) de perro mapache en las muestras ambientales solo confirma lo que ya se sabía.

El ADN mitocondrial de mamíferos que se ha encontrado en las muestras ambientales está en la región del mercado donde parece que se inició la pandemia; basta comparar esta figura con la que se publicó en Science el 26 de julio de 2022 («El origen del SARS-CoV-2 en el mercado de animales vivos de Huanan en Wuhan (China)», LCMF, 01 ago 2022). El pasado no se puede cambiar, pero podemos soñar qué podría haber pasado si el Gobierno de China y la OMS hubieran tenido una relación fluida. Estas muestras se habrían secuenciado de forma urgente a principios de 2020 y se hubieran publicado en GISAID. Se podría haber emprendido una investigación científica en busca de las granjas ilegales de donde llegaron a Huanan estos animales salvajes ilegales. Se podría haber tomado muestras de animales salvajes en busca de coronavirus de mamíferos que se podrían haber comparado con los coronavirus de murciélagos más próximos al SARS-CoV-2. Aún siendo ciencia ficción, se podría haber determinado el animal intermediario. Pero el Gobierno de China prefirió salvar vidas humanas a conocer el origen de la zoonosis. Y todos estamos de acuerdo con que hicieron lo correcto. Pero, por desgracia, nunca sabremos el origen de esta zoonosis.

Los análisis metagenómicos que detectan ADNmt de mamíferos en las muestras y los análisis filogenéticos que permiten identificar a qué mamíferos pertenecen no pueden reemplazar lo que tendría que haberse hecho en su momento. Que haya ADNmt de perro mapache en muestras de jaulas en las que hubo perros mapaches solo permiten asegurar este hecho. Que la muestra esté contaminada con ARN de SARS-CoV-2 solo indica que hubo humanos contagiados manipulando dichas jaulas. La ciencia no permite inferir conclusiones más allá de lo que ofrecen los datos. Que los perros mapaches, como las civetas, los hurones y muchos otros mamíferos, sean susceptibles de ser infectados por SARS-CoV-2 humano (sin enfermar y siendo un vector que infecte a humanos) no significa, en ningún caso, que sean los animales intermediarios de esta zoonosis. Que haya pruebas metagenómicas de lo que ya se sabía, que había mamíferos salvajes ilegales en el mercado de Huanan, no aporta nada crucial al estudio del origen de esta zooonosis. Y que los nuevos datos metagenómicas tengan detrás una historia detectivesca que agrada a los medios, tampoco permite que estos medios afirmen sin rigor que estamos próximos a desvelar que el perro mapache es el animal intermediario.

El escepticismo racional es imprescindible en la divulgación científica. Lo único que me gustaría de esta pieza es que los lectores no se vean engañados por figuras como esta. Muestra la cantidad de trozos de ADNmt con más de 300 nucleótidos que tienen solapes entre sí (contigs) que se han encontrado en las muestras; estos contigs se pueden usar para reconstruir el ADNmt completo (en la figura de aves y mamíferos). Que los más numerosos sean los de perro mapache solo significa que se han obtenido de muestras de jaulas donde había perros mapaches (muestras positivas en SARS-CoV-2 porque los vendedores estaban infectados). Nada más. ¿Se sabrá algún día cuál es el animal intermediario de esta zoonosis? Como ya he comentado varias veces en este blog, en mi opinión nunca se sabrá. No se hizo lo que había que haber hecho. Y solo se dispone de los datos de los que se dispone. No concibo que aparezcan nuevos datos o que se extraiga de estos datos información más allá de la que ofrecen ahora mismo. Nunca sabremos cuál es el animal intermediario de esta zoonosis que ha costado tantas vidas humanas.



6 Comentarios

  1. Disculpa la digestión y aún más sabiendo que no es tu campo, pero ¿no te interesa la enfermedad ?

    Temo que se hayan levantado prematuramente las mediadas que impedían el contagio masivo por razones económicas y no se hable apenas del COVID persistente y su prevalencia en su forma grave.

    Sigo a inmunólogos, epidemiólogos, virólogos, etc. en Twitter y es difícil llegar a una conclusión, pues hay una incertidumbre enorme y disparidad de posturas. Hay quien defiende la vuelta a la normalidad aduciendo que también hay otros virus en circulación desde hace tiempo (VRS, citomegalovirus, etc.) y no por ello dejábamos de hacer vida normal. Claro que este virus es terriblemente contagioso y no es aún estacional, además de que la vacuna solo reduce el riesgo de COVID persistente un 40%, lo que supone que un 5% de las infecciones sean persistente en su forma grave.

    1. Entiendo su preocupación, y yo como usted sigo a epidemiólogos, médicos e investigadores que están dentro de este asunto de la enfermedad y la pandemia (me interesan las matemáticas del COVID y las consecuencias sociales de la enfermedad). A riesgo de que me corrija un experto, he de decirle que en sus preocupaciones obvia el asunto de las vacunas y la forma en las que estas han contenido la enfermedad. Si bien considero que hay que seguir estando en alerta, no estamos en enero de 2020, … afortunadamente. Y lo que el autor comenta en su muy buen texto, quizás nos debería servir para la próxima pandemia. Saludos.

      1. Eduardo, supongo que te refieres a Alexander Crits-Christoph et al., «Genetic tracing of market wildlife and viruses at the epicenter of the COVID-19 pandemic,» Cell 187: 5468-5482 (19 Sep 2024), doi: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00901-2. ¿Qué opino? Me parece un trabajo de epidemiología con herramientas metagenómicas muy interesante. No aporta mucho a lo que ya sabíamos. Pero confirma todo lo que ya sabíamos, que no es poco. Confirma que el origen fue el mercado (el comercio de animales salvajes) y que se ignora (y siempre se ignorará) la especie intermediaria de esta zoonosis entre los murciélagos y los humanos (de hecho, en rigor es irrelevante qué especie fuese, salvo para la divulgación). La conclusión principal es una lista de cuatro especies (que aporta poco a lo ya conocido): perros mapaches, civetas palmeras enmascaradas, ratas canosas del bambú y puercoespines malayos (todos ellos animales presentes en el mercado de Huanan).

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