Graves errores químicos en un artículo de quimiogenómica en Science

Dibujo20140412 cyclohexadiene enamine - phenylbenzylamine - tautometers - completely different pathways - sciencemag

Un artículo sobre quimiogenómica de la levadura aparecido en la prestigiosa revista Science presenta graves errores químicos y debería ser retractado de forma inmediata. Estudia lo que los autores llaman la “firma quimiogenómica” (chemogenomic fitness signature) de 3250 metabolitos (moléculas químicas pequeñas) e indentifica 317 metabolitos que afectan a 121 genes en diferentes rutas metabólicas.

Errores tan graves como separar tautómeros (isómeros que sólo se diferencian en la posición de un grupo funcional y que existen en equilibrio químico) como si fueran moléculas completamente diferentes. ¿Qué sentido tiene que dos tautómeros aparezcan en dos rutas metabólicas sin conexión entre sí? ¿Cómo pueden dos tautómeros tener efectos/funciones biológicos diferentes?

O errores en el nombre de algunos metabolitos (como “ciclohexa-2 ,4-dien-1-ona”, que todo químico llamaría fenol) y el dibujo de sus moléculas (todo químico dibuja el fenol con un círculo en el centro del hexágono). Un alumno en segundo curso de química suspendería un examen si cometiera esos errores. ¿Cómo es posible que en un artículo con 39 autores se hayan cometido tales errores? ¿Ningún coautor del artículo es químico orgánico? ¿Cómo pueden haber pasado desapercibido estos graves errores en la revisión por pares del artículo? ¿Ningún revisor era químico orgánico?

Todo apunta a que el artículo aparecido ayer 11 de abril debería ser retractado. El problema ha sido descubierto en el blog de Derek Lowe, “Biology Maybe Right, Chemistry Ridiculously Wrong,” In the pipeline, Corante, 11 Apr 2014. El artículo técnico es Anna Y. Lee et al., “Mapping the Cellular Response to Small Molecules Using Chemogenomic Fitness Signatures,” Science 344: 208-211, 11 Apr 2014.

Dibujo20140412 5-fluorouridine - fd score - science mag

Por supuesto, los errores químicos del artículo no sólo están en la figura 2, aparecen por doquier (tanto en el texto principal como en la información suplementaria). No es la primera vez que la revista Science publica un artículo bioquímico con graves errores de química orgánica. ¿Será la última? Lo dudo.

Quizás revistas como Science deberían garantizar que todo artículo de bioquímica fuera revisado por algún químico orgánico. Lo cierto es que muchos bioquímicos son biólogos que adolecen de buenos conocimientos de química orgánica. Los planes de estudios de biología cada día ofrecen una peor formación en química orgánica (y no hablo sólo de España).

A los interesados en más errores del artículo técnico les recomiendo consultar los comentarios de la entrada en el blog de Derek Lowe. Siempre se ha dicho que los físicos sabemos poco de química (y es cierto). Pero pocos físicos se dedican a la química. Sin embargo, la (bio)química es la salida profesional de muchos biólogos.



8 Comentarios

  1. Hola, Francis siguiendo el ejemplo del alumno de segundo de química que suspendería el examen…. el que en este caso debería poner el suspenso al examen es el/los revisor/es de Science. Entonces, la cuestión no es si los 39 autores saben química, es si los revisores de Science están a la altura de las circunstancias ¿no te parece?. Han tenido 4 meses para la revisión, y se podrían haber percatado del asunto tanto como el autor del blog que tú citas. Además, son más de uno los revisores seguro, así que posiblemente los que saben poco del tema en cuestión serían en este caso esos estrictos y selectivos revisores.
    Los autores, como cualquiera envían una cosa que les parece buena para publicar y cuentan su historia según interpretan sus datos, y en el peor de los casos serán gente que quiere engañar (cosa que sucede poco pero que cuando pasa es más escandalosa que todos los que hacen bien).
    Por otro lado algunas de las preguntas que haces, con bastante sentido común, podrían tener respuestas que te sorprenderían. No lo digo porque yo sepa la respuesta, sino porque asumes cosas que tendrías que demostrar. ¿Es posible que dos tautómeros aparezcan en rutas metabólicas diferentes? pues sí debería ser posible, otra cosa es como tú dices que “tenga sentido”, pero es que según algunos estudiosos de la evolución y la biología hay cosas que son así y no tienen sentido, no tiene que tener sentido. El sentido en biología es algo que otorga el razonamiento humano, pero nada más. ¿Qué sentido tiene que solo podamos detectar una parte del espectro electromagnético? ¿qué sentido tiene vivir en el agua del río tinto?.
    Finalmente, no entiendo tu último párrafo. No sé cuántas personas que han estudiado física se dedican a la química, o cuántas personas que han estudiado química se dedican a la física como profesión, cuántos que han estudiado bioquímica a la genética, y cuántos que han estudiado biología a la bioquímica (con absoluta independencia de la salida profesional). Creo que la carrera es una base de conocimiento buena pero no suficiente y que no determina el conocimiento del profesional; es la profesión, el oficio lo que da el verdadero conocimiento de la especialidad. Y eso se aprende fuera de la carrera, en el doctorado y posterior o con otra formación profesional relativa al oficio concreto. Por el mismo razonamiento las personas que estudian una carrera de física y se dedican a la meteorología (cuando hace años esta especialidad ni siquiera era una especialidad por ejemplo en al facultad de Sevilla) lo hacen por una salida profesional y seguro que entonces son muy malos profesionales. Por el mismo razonamiento la persona que estudia una carrera de ciencias no debería ser periodista científico, pero resulta que es una salida profesional. Por el mismo razonamiento tú mismo puedes imaginar muchos ejemplos y además conocerás a personas con una carrera y una especialidad diferentes, y que se dedican a una tercera cosa, y además lo hacen bien! sin dudas. ¿Entonces qué les dices?, nada simplemente porque los conoces y te fías de ellos. Conozco a personas con la carrera de físicas que hacen neurofisiología porque se especializaron durante su doctorado en ese campo de conocimiento, y son muy buenos. A personas que estudiaron psicología o matemáticas y que igualmente su oficio es una especialidad diferente, desde la genética al estudio de modelos de distribución de poblaciones de especies vegetales según la incidencia del sol en una latitud . Y reconozco que son muy buenos. Venga, seguro que tú también los conoces, personas que después de una carrera X se dedican profesionalmente a otra cosa, y al razón podría ser que era una salida profesional o bien que de verdad les gustaba!.
    Siguiendo tu razonamiento, de si estudias la carrera X no te salgas de ahí, tendrías que plantearte con qué criterio haces algunas veces un comentario de algo que está fuera de tu campo de conocimiento. Ya que por ejemplo en esta entrada te fías del tipo del blog y sin embargo dudas de los revisores de Science. Habrá que tener en cuenta que cuando Science publique algo que te guste, habrá que preguntarse si es bueno solo porque te guste o porque no se critique en un blog.
    No sé qué pasará con ese artículo de Science, quizás lo eliminen como sucede con otros, pero eso forma parte del proceso científico y lo hemos visto reciente con las células que se reprograman con ácido y otros ejemplos (como bien explica en sus divulgaciones el siempre joven X. Mariño cuando habla de que la ciencia se autoexamina y por eso se pillan errores y fraudes, y eso es un proceso bueno). Pero me preocupa que en un blog que puede servir para aumentar la cultura científica de los lectores, se alarme y se desvíe la atención hacia cosas que desdibujan la realidad de la ciencia, y es que la carrera no tiene que ser un determinante para ser un buen profesional de cualquier especialidad.
    Salud!

  2. Creo que exageras Francis, al menos si me lmito a lo que cuentas en tu artículo. Llamar al fenol por su nombre completo no me parece un error especialmente grave, sería algo así como escribir ácido desoxirribonucleico en lugar de ADN, es raro, pero no un error. Que dos tautómeros puedan tener efectos biológicos diferentes tampoco me parece descabellado, ¿por qué motivo es esto imposible?
    No veo por qué hay que alarmarse tanto

  3. Hola.
    Quiero hacer algunas puntualizaciones sobre el artículo que me parecen alarmantemente erróneas:

    Errores tan graves como separar tautómeros (isómeros que sólo se diferencian en la posición de un grupo funcional y que existen en equilibrio químico) como si fueran moléculas completamente diferentes. ¿Qué sentido tiene que dos tautómeros aparezcan en dos rutas metabólicas sin conexión entre sí? ¿Cómo pueden dos tautómeros tener efectos/funciones biológicos diferentes?

    No es correcto hablar de tautómeros refiriéndose a ellos como que sólo cambia la posición del grupo funcional. Lo que cambia es el grupo funcional, tal y como se observa en la tautomería ceto-enólica:
    http://es.wikipedia.org/wiki/Taut%C3%B3mero

    Y sí, ambos isómeros son moléculas completamente distintas con reactividad distinta. Incluso los estereoisómeros (moléculas cuya única diferencia entre si es que una es el reflejo de la otra en un espejo) la tienen.

    O errores en el nombre de algunos metabolitos (como “ciclohexa-2 ,4-dien-1-ona”, que todo químico llamaría fenol) y el dibujo de sus moléculas (todo químico dibuja el fenol con un círculo en el centro del hexágono). Un alumno en segundo curso de química suspendería un examen si cometiera esos errores. ¿Cómo es posible que en un artículo con 39 autores se hayan cometido tales errores? ¿Ningún coautor del artículo es químico orgánico? ¿Cómo pueden haber pasado desapercibido estos graves errores en la revisión por pares del artículo? ¿Ningún revisor era químico orgánico?

    Aquí estás totalmente equivocado (me ha hecho mucha gracia lo del círculo en el fenol). La nomenclatura que pone en el dibujo es correcta ya que no es un fenol, tal como afirmas. Si te fijas, los fenoles tienen tres dobles enlaces dentro y no dos y uno fuera. De hecho, el fenol es un anillo aromático de seis carbonos con un grupo alcohol, no un grupo cetona.
    http://es.wikipedia.org/wiki/Fenol

    1. Hola.
      Lo siento pero no estoy de acuerdo con lo que dices.

      Los tautómeros no son moléculas completamente distintas, sino distintas formas de la misma molécula. No puedes separar en dos botes una forma tautomérica de la otra, porque siempre están en equilibrio entre ellas (sí puedes separar los estereoisómeros, que sí que son moléculas distintas).

      En cuanto a la reactividad, una molécula que tenga varias formas tautoméricas tendrá la reactividad de todas ellas a la vez, siendo más importante la reactividad de los tautómeros más estables.

      Y por último la ciclohexa-2 ,4-dien-1-ona y el fenol sí que son la misma molécula, pero en sus dos formas tautoméricas. El hidrógeno del OH del fenol puede migrar a uno de los carbonos del anillo, haciendo que uno de los dobles enlaces pase de dentro a fuera del anillo (y viceversa, ya que están en equilibrio). El “problema” es que el esto desestabliza mucho la molécula por perder el anillo aromático, así que la proporción entre fenol y ciclohexa-2 ,4-dien-1-ona es de ~10^13 y todo el mundo le llama fenol.
      https://en.wikipedia.org/wiki/Phenol#Tautomerism

  4. Francis, te la han colado bien. El del blog de química ha conseguido la publicidad gratuita que quería (yo lo he visitado para ver más del asunto). Habrá estado muchas horas rebuscando artículos para encontrar supuestos errores químicos y publicarlo en su web.
    Como te han indicado, la ciclohexa-2,4-dien-1-ona no es el fenol:
    https://zinc.docking.org/rings/62045

  5. Derek Lowe dice en su blog:
    And look at what they’re calling “cyclohexa-2,4-dien-1-one”. No such compound exists as such in the real world – we call it phenol, and we draw it as an aromatic ring with an OH coming from it.
    Pero como le recuerda el comentario 31:
    I think their structure images come directly from ChemSpider.
    Visually, they look exactly like ChemSpider structures, and the dienone tautomer of phenol has a ChemSpider entry, for reasons that escape me.
    Efectivamente esa molécula aparece en ChemSpider:
    http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.124484.html?rid=dd30804b-d49f-4681-9154-40deb9db495d
    Tal vez Lowe debería escribir otra entrada diciendo que los autores de ChemSpider, que obviamente son químicos, no tienen ni idea de química orgánica.

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Por Francisco R. Villatoro
Publicado el ⌚ 12 abril, 2014
Categoría(s): ✓ Biología • Bioquímica • Ciencia • Noticias • Peer Review (Revisión por pares) • Prensa rosa • Química • Science
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