El cráneo de Harbin podría ser denisovano según la paleogenómica y la paleoproteómica

Por Francisco R. Villatoro, el 14 agosto, 2025. Categoría(s): Ciencia • Noticias • Science ✎ 12

Los denisovanos solo habían sido identificados como nueva especie del género Homo mediante estudios paleogenómicos y paleoproteómicos. El cráneo de Harbin (noreste de China), datado en más de 146 mil años, fue clasificado o bien como nueva especie (Homo longi, «hombre dragón»), o bien como denisovano. Se publican dos artículos que intentaron sin éxito encontrar ADN nuclear, uno paleogenómico en Cell, usando ADN mitocondrial (ADNmt) extraído de un cálculo dental, y otro paleoproteómico en Science, usando 95 proteínas extraídas de muestras de hueso, que identifican dicho cráneo como denisovano. Si se confirmase se trataría de un gran avance en el estudio de la morfología craneal de los denisovanos. Por desgracia, debemos ser muy cautos con esta clasificación. Por un lado, la cobertura del ADNmt alcanzada, 6.6×, es insuficiente para los estándares de autenticación y análisis filogenético en ADN antiguo; además, los fragmentos son muy cortos (< 60 bp) y se observa una elevada contaminación de ADNmt de humano moderno (estimada entre un 56 % y un 67 %). Por otro lado, aunque se han encontrado 19 299 péptidos (trozos de proteínas) de unas 95 proteínas, de las que 65 son del matrisoma, solo se han identificado 122 SAPs (polimorfismos de un único aminoácido), de los que solo 4 son «únicos de denisovanos» y 3 son «derivados de denisovanos», todos ellos se clasifican colmo de baja calidad; además, se ha observado posible contaminación de ratón o bacterias en alguno. En mi opinión, la atribución del cráneo como denisovano cuenta con muy poca evidencia paleogenómica y paleoproteómica. Soy consciente de que estos estudios son muy difíciles de realizar, pero siempre se debe mantener una aptitud escéptica.

Los dos artículos presentan árboles filogenéticos basados en decisiones ad hoc que me parecen que no están bien justificadas. El artículo de Cell apunta a que el ADNmt del cráneo de Harbin datado > 146 ka es más próximo al ADNmt de denisovanos tempranos, datados entre 123 y 217 ka, que a denisovanos recientes, datados entre 52 y 84 ka. Pero el artículo de Science se limita a comparar el cráneo de Harbin con un denisovano reciente (Denisova3), datado entre 52 y 76 ka; en mi opinión se tendría que haber comparado con todos los restos paleoproteómicos denisovanos disponibles. Además, dicho artículo también interpreta un SAP como patogénico (COL2A1 G1170S), siendo uno de los 4 clasificados como «únicos de denisovanos»; me parece una decisión muy arriesgada. En general, creo que se sobreinterpretan los resultados, lo que apunta a sesgo de confirmación, algo que no me gusta en artículos para revistas como Cell y Science. Sin menospreciar la proeza técnica que supone extraer ADNmt y proteínas de restos fósiles con más de 146 ka, creo que la solidez de las conclusiones de cada estudio debe ser puesta en cuarentena, y a pesar de que, en apariencia, ambos resultados se apoyan entre sí. Los artículos son Qiaomei Fu, …, Svante Pääbo, Qiang Ji, «Denisovan mitochondrial DNA from dental calculus of the >146,000-year-old Harbin cranium,» Cell 188: 3919-3926 (24 Jul 2025), doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.05.040, y Qiaomei Fu, …, Feng Liu, Qiang Ji, «The proteome of the late Middle Pleistocene Harbin individual,» Science (18 Jun 2025), doi: https://doi.org/10.1126/science.adu9677. Más información divulgativa en Andrew Curry, «‘Dragon Man’ skull belongs to mysterious human relative. At long last, scientists have a nearly complete cranium from hominins known as Denisovans,» Science News, 18 Jun 2025; Vanessa Villalba-Mouco, Arev Pelin Sümer, «Unmasking the Denisovans,» Cell 188: 3917-3918 (24 Jul 2025), doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.06.043. Por cierto, la imagen que abre esta pieza está extraída de Qiang Ji, Wensheng Wu, …, Xijun Ni, «Late Middle Pleistocene Harbin cranium represents a new Homo species,» The Innovation 2: 3100132 (28 Aug 2021), doi: https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100132.



12 Comentarios

  1. Qué fue lo que encontró Pääbo? que había denisovanos hace una cantidad de años en España dónde solo podría haber habido neandertales por época geológica o incluso en tiempos más recientes solo sapiens allí? Sin un cariotipo completo nunca sabremos si hubo tales especies o solo etnias subespecies de un solo tipo de homo, ya no género sino especie homo. Cómo se consigue un cariotipo completo de 46 cromosomas? No se consigue

    1. Wacho, le aclaro a los demás lectores que te refieres al análisis de ADNmt (con una cobertura de 5×) de huesos de la Sima de los Huesos que se identificó como denisovano (Matthias Meyer, Qiaomei Fu, …, Svante Pääbo, «A mitochondrial genome sequence of a hominin from Sima de los Huesos,» Nature 505: 403-406 (2014), doi: https://doi.org/10.1038/nature12788); más tarde, el análisis de (menos del 1 % del) ADN nuclear (con una cobertura pésima de 1×) de los mismos restos los identificó como neandertales (Matthias Meyer, Juan-Luis Arsuaga, …, Svante Pääbo, «Nuclear DNA sequences from the Middle Pleistocene Sima de los Huesos hominins,» Nature 531: 504-507 (2016), doi: https://doi.org/10.1038/nature17405). Por cierto, en paleogenómica es imposible obtener un cariotipo (imagen al microscopio de los cromosomas); solo se puede reconstruir el ADN antiguo comparando las muestras con un ADN de referencia.

      1. Hasta que encuentren algo muy bien conservado, congelado, no fosilizado y es solo deseo de mi parte para contraprueba con lo actual y que sí tenemos. Pero por extremadamente difícil no se consigue.

  2. El «matrisoma» se refiere al conjunto completo de proteínas que componen la matriz extracelular (ECM) de un tejido o célula. Esencialmente, es una lista detallada de todos los componentes proteicos presentes en la matriz extracelular, tanto los que la forman estructuralmente como aquellos que regulan sus funciones.

    1. Estaría bien aplicar estas técnicas para el análisis lo más detallado posible de las llamadas “momias de Nazca”, los estudios de secuenciación masiva hasta la fecha son incompletos y carecen de trazabilidad en el muestreo. Las evidencias morfológicas sustentadas por las tomografías 3D indican que podrían ser organismos reales susceptibles de ser estudiados mediante técnicas más profundas.

      1. Se supone que ya se ha hecho (Ricardo Rangel Martínez ha publicado dos preprints en ResearchGate). La momia “María” resulta ser un varón (humano), aunque su ADN está contaminado con el ADN de microorganismos y otros organismos. La momia “Victoria” está en estudio.

        El consenso científico sobre estas “momias” es que son montajes mediáticos sin respaldo científico. Ningún grupo de expertos va a emprender estudios genómicos o proteómicos rigurosos de una farsa. Salvo que los financie alguien. ¿Tú los financiarías? Hazlo.

  3. La matriz extracelular es el gran misterio de cómo hubo y sucedió un desarrollo de pluricelularización entiendo. Parece que hace 2.600 millones de años ya había ocurrido un surgimiento de seres pluricelulares pero estos estaban carentes de ECM matriz extracelular, justamente lo que llevó a organismos más complejos durante la explosión cámbrica hace unos 542 millones de años y los seres «visibles» del Proterozoico.

    1. Y las enzimas de denisovanos, y RNAmensajero y los codones en ribosomal y riboenzimas diferirán de los nuestros? Secuenciar el genoma de un denisovano sería solo la 1ra parte de la titánica tarea
      Especiación será una cuestión de plásmidos como simbiontes? pero en eucariontes muy complejos y abiogénesis empezó en péptidos protoribosomales? si encontrarán XNA en Europa o Encélado, si encontraran, en Marte nada, llevemos retroviridae y luego veremos

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